石斑鱼是世界重要的海水经济鱼类，又是重要海水增养殖对象，其种类多，分布广，合理保护与开发石斑鱼资源具有不可估量的生态与经济地位。日前，由中山大学生命科学学院张勇教授科研团队联合华南农业大学、深圳市华大海洋研究院、广东省农业科学院和博瑞迪生物技术有限公司共同完成了“石斑1号”石斑鱼40K基因组育种液相芯片的研发。
　　“种业是农业的芯片”，2022年中央一号文件明确提出，全面实施种业振兴行动方案，推进种业领域国家重大创新平台建设，强化种业知识产权保护。“石斑1号”液相育种芯片，是我国具有完全自主知识产权的“中国芯”，是前沿生物技术为石斑鱼种质资源保护和种业科技创新提供的重要基石。
　　据了解，“石斑1号”采用博瑞迪GBTS技术体系中的GenoBaits技术，含有5种主养石斑鱼（鞍带石斑鱼、棕点石斑鱼、斜带石斑鱼、赤点石斑鱼、清水石斑鱼）的全基因组重测序SNP标记和重要经济性状关联SNP、InDel标记。“石斑1号”芯片可均匀覆盖全基因组、涵盖多种石斑鱼多态性标记，在石斑鱼群体中有较好的应用表现。
　　“石斑1号”芯片含有数百份重测序数据的近45，714个背景多态性SNP标记和包含千份重测序样本的氨氮耐受性、赤点石斑神经坏死病毒（RGNNV）抗性、生长、饲料利用等重要经济性相关的108个功能关联SNP、InDel标记。利用“石斑1号”芯片可以对5种石斑鱼育种个体的基因和遗传信息进行快速精准的检测和分析。在测试样品中，“石斑1号”芯片对5种石斑鱼的标记平均检出率为91.09%，其中鞍带石斑鱼检出率为99.6%～99.7%，棕点石斑鱼检出率为90.82%～91.03%，均表现出较好基因分型检测效果。
　　研发团队采用具有完全自主知识产权的靶向测序基因型分型（Genotyping by Targeted Sequencing，GBTS）技术原理的液相芯片，实现了高通量、低成本、高精度、高灵活度的基因型分享检测。
　　石斑鱼是世界重要的海水经济鱼类，又是重要海水增养殖对象，其种类多，分布广，合理保护与开发石斑鱼资源具有不可估量的生态与经济地位，但就目前石斑鱼遗传多样性的研究还十分有限。
　　采用“石斑1号”芯片对5种石斑鱼进行检测，根据40K标记基因型数据进行分析，基于“石斑1号”的基因型获得了较全面的5种石斑鱼进化、种群结构等结果，为家系与亲缘关系分析乃至分子标记辅助育种提供参考。通过基因组共线性分析发现，有相同染色体的5种石斑鱼共线性关系良好，未发生染色体大片段插入、重复、缺失和复杂染色体重排事件等，再次验证了联合开发5种石斑鱼芯片的可行性，“石斑1号”为实现对候选杂交亲鱼的大规模筛查，从而大大缩短育种周期，加快经济鱼类的育种进程提供参考。
□中山大学生命科学学院