商品有机肥和粪肥同样能够补充有机质，促进团粒结构的形成，但从绿色环保角度来讲，商品有机肥更有优势。
　　首先，商品有机肥比粪肥“无害”。两种肥料的区别重点在于“腐熟”和“无害”。商品有机肥是用动植物残体，各种动物粪便，经过高温发酵工艺无害化后符合执行标准加工而成的一种商品肥料。
　　与商品有机肥相比，粪肥存在许多缺陷，含盐分较多，容易使土壤盐化；粪肥带有大量的病菌、虫卵，最易引发棚室内的病虫害；粪肥养分含量不稳定，不能做到合理补肥；粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。 
　　其次，商品有机肥改良土壤效果更迅速，若是土壤出现了不良状况，使用商品有机肥改良比粪肥更加快速。这是因为商品有机肥具有洁净性和完熟性两大特点。商品有机肥在制作过程中不仅进行高温杀菌杀虫，通过微生物完全发酵，并且很好地控制氧气和发酵温度，使有机物质充分分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留，使用后不会产生对作物有影响的物质。
　　再者，商品有机肥的养分配比更合理。商品有机肥中的各类养分是可调整的，可以针对不同的土壤状况使用不同养分含量的产品。据了解，对土壤起生理调节功能主要是由生物酶、中间代谢物、内源激素、抗性物、细胞膜构成物、代谢吸收促进物等承担，这些成分只有有机肥中最丰富。
　　同时，有机肥的肥效稳而长，所含养分大部分呈有机态，需经矿质化后才能被作物吸收利用。因此，有机肥料基肥可不断分解、释放养分，其肥效持久。
　　值得注意的是，商品有机肥不同于化肥，化肥是单纯提供营养的，是提供“粮食”的，有机肥是调理和维护土壤“胃功能”的，负责的是土壤作物的消化系统，如果这个系统出现问题，用再多化肥都没用。
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